农业部农业信息技术重点实验室依托于中国农业科学院农业资源与农业区划研究所。目前，实验室是国家遥感中心农业应用部和农业部遥感应用中心研究部的挂靠单位。中国农业科学院农业资源与农业区划研究所由中国农业科学院土壤肥料研究所（成立于1957年8月）与农业自然资源和农业区划研究所（成立于1979年2月）于2003年5月整合组建而成。研究所以服务于国家经济建设、农业发展和农民增收为主要目标，面向全国开展农业资源环境领域中的理论与方法、农业发展战略、区域布局与结构调整、农业生产实用技术等基础研究与应用研究，培养领域人才队伍。学科领域主要涉及植物营养、肥料、农业遥感、区域农业发展、生态环境建设、现代土壤学、草地科学、农情信息、现代农作制、食用菌、农业资源管理、农业水资源、农业微生物资源与利用等。